尽管石蜡包埋组织切片的制备方法已得到不断的改良定型，但是，切片机预设的切片厚度值与组织切片的实测厚度值间的差异情况仍不能为人们所忽视，它对评判组织细胞结构的形态和化学物质 （包括抗原或抗体）有无和多少将产生影响，应引起高度的重视。

切片机预设的切片厚度刻度值与组织切片的实测厚度值之间有10%以上的差异，切片机标示厚度与实测厚度间的平均误差为17.2%。

实验获得的组织切片厚度变化的研究结果表明切片机的切片厚度预设值低估了石蜡包埋组织切片的真实厚度，实验切片机预设切片厚度与手动和自动切片厚度相差较大。

其主要原因是由于切片机作自动切片时其切片的速度恒定，石蜡包埋的组织受力均匀，而手动切片时的切片速度难以恒定，致使石蜡包埋的组织受力不均匀，切片机的使用年限越久，活动机械连接的间隙越大，产生实际切片的厚度大于或小于切片机预设切片厚度的机会越大。

如使用的切片机为全新的，则实测切片厚度均大于而不小于切片机预设切片厚度，而使用年久的手动切片机，其实测切片的厚度有不少小于切片机预设切片厚度，这与上述分析相吻合的。